Кроме того, из всех пяти куполов выделен средний купол, более высокий, которому подчинены остальные, так что в целом образуется очень сложная, но вместе с тем уравновешенная, продуманная, последовательная и цельная группа, которая обнаруживает мастерское владение замкнутым внутренним пространством и виртуозное умение его членить и из членений образовывать ясные группы. Именно эта особенность Сан Марко, которая выражает основное достижение средне византиискои архитектуры, имела огромное значение для последующего развития мировой архитектуры и особенно для ренессанса.
Однако в Сан Марко феодальная концепция очень ярко проявляется в обратной тенденции слить пространственные ячейки отдельных групп друг с другом, стереть грани между ними и связать их все общей дематериализованной пространственной средой, создающей неопределенность переходов, текучесть членений.
Эта тенденция, очень характерная для средне византиискои столичной архитектуры, которую она имеет общей с Софией в Константинополе, проявляется в Сан Марко, например, в мраморной облицовке, сплошь покрывающей собой стены и столбы до известной высоты и образующей как бы завесу, скрывающую за собой отдельные тектонические члены и связывающую их общей средой бледных тонов мраморных плоскостей.
В области пространственной композиции это выражается в одноярусных аркадах, которые связывают друг с другом под купольные столбы и предназначены нести деревянные хоры, которые крестообразно окружали бы центральную композицию пяти куполов. Эти хоры являются отголоском хоров церкви Апостолов, которые были отделены аркадами от центральных купольных пространств, в то время как в Сан Марко аркады имеются только под хорами, а пролеты хоров оставлены совершенно открытыми, так что снизу хорошо видны мощные полуцилиндры ветвей креста.